De første 10 år i Roskilde Fællesbageri var på mange måder vanskelige. Problemer med vandforsyningen, samt et anstrengt forhold mellem bestyrelse og aktionærer gjorde det svært at skabe et succesfuldt andelsbageri til at starte med. Det nye århundrede bød dog på nye opgraderinger, der løftede bageriet.
Først blev A. Johansen ansat som bageribestyrer, mens Emil Nielsen blev antaget som kasserer. Det gav øget styr på forretningen. Dernæst blev hygiejnen og kvaliteten af brødet højnet. Man forbød en af brødkuskene at bruge brødvognen til også at transportere gødning, og i 1906 investerede man i en ny, moderne rørovn, der løftede brødets kvalitet betragteligt.